气相色谱质谱联用仪广泛应用于环保行业、电子行业、纺织品行业、石油化工、香精香料行业、医药行业、农业及食品安全等领域；环境中有机污染物分析（空气、水质、土壤中污染分析）；农残、兽残、药残分析；香精香料香气成分分析；纺织品行业中的有害物质检测。
为了质谱仪器的正常工作，必须要组成高真空系统的真空室。仪器使用了高性能的涡轮分子泵与前级真空泵构成两级真空机组以确保所需的真空。被分析样品经毛细管柱分离，进入离子源。采用电子电力标准配置(EI)，产生正离子，在推斥、聚焦、引出电极的作用下将正离子送入四极杆系统。四极杆在高频电压与正负电压联合作用下形成高频电场，在扫描电压作用下，只有符合四极场运动方程的离子才能通过四极杆对称中心到达离子检测器，再经离子流放大器放大，产生质谱信号。得到了质谱图，通过解释谱图或进行谱库检索以识别未知样品的组成。待分析样品通过载气（氢气或氦气）经过GC色谱柱得到初步分离，从色谱柱流出的各组分经过GC-MS接口模块传输进入MS模块的离子源单元，在这里各组分被离子化形成离子，进而被MS模块中的质量分析分析，分析获得的数据由GC-MS平台的数据处理模块进行处理、显示，并进行数据库搜索和比对。整个分析过程所涉及到的流程处理顺序均由GC-MS平台的仪器控制模块进行控制和协调。
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